Vücudumuzun her bölgesinde bakteri vb. mikro canlılar yaşıyor. Mikrobiyotamızı oluşturan bu küçük canlılar vücudumuzun her yerinde var ancak en çok bağırsakları-mızda bulunuyor. Bu nedenle günümüzde en çok da bağırsakları-mızdaki işlevleri araştırılıyor. Milyonlarca nüfusa sahip bu canlılar bağırsaklarımız ile beynimiz arasında bağlantı sağlıyor. Ancak beynimizdeki olaylar bağırsaklarımıza hemen bildirilirken bağırsaklarımızda olan olaylardan çoğu beynimize bağlı değildir. Bağımsız olarak mikrobiyota topluluğu tarafından gerçekleştirilir. Bu nedenle bağırsaklarımıza ikinci beyin denilir. Son yıllarda bağırsaklarımızın, sinir sistemi hastalıklarıyla olan ilişkisi ve bu hastalıkların tedavisine ilaçlardan önce diyet ile başlanması gerektiğine dikkat çekilmiştir. Bu görüşe göre diyet ile bağırsaklar ve burada yaşayan yararlı mikroorganizmalar sağlıklı hale getirilirse hastalığın düzeleceği yönündedir. Bağırsak duvarımız eğer zarar görmüşse aldığımız besinlerin buradaki sindirimi de sağlıklı bir insanda olduğu gibi olmaz. Mikrobiyom çeşitliliği yaşa duyarlıdır ve insanlar bebeklik, ergenlik, yetişkinlik ve yaşlanma sırasında mikrobiyal profillerinde belirgin farklılıklar gösterir. Mikrobiyotamız, daha bebeklik çağındaki anne sütü alımına bağlı olarak gelişir ve büyür. Anne sütü almayan bebeklerin bağırsak sağlığı tartışmasız kötü yönde etkilenir. Bağışıklık sistemleri daha zayıf bebekler olarak büyürler. Alerjik hastalıklara yakalanma olasılıkları çok yüksektir. Günümüzde mikrobiyal çeşitliliğin, bağırsak mukozasının bağışıklık sisteminin geliştirilmesinde ve genel olarak insan sağlığının korunmasında, bağırsak içi dengenin korunmasında kilit bir rol oynadığı düşünülmektedir. Buna göre, insan hastalıklarının çoğunun bağırsak mikrobiyo-tamızdaki çeşitlilik ile ilişkili olduğuna dair birçok kanıt vardır. Ayrıca bağırsak sağlının genetik olarak da aktarıldığı birçok vakada görülmüştür. Her insana, bağırsak floraları annelerinden geçiş yapar. Fakat bunun yanında her birimizin bağırsağı, kendine has mikrop topluluğu ile doludur. Bu saydığımız nedenlerin etkisiyle bağırsak floramız her insanda kendine özgü bir şekilde değişir, gelişir. Her insan farklı sağlık sorunlarına yatkın hale gelir. Yani ileride hangi hastalığa yakalanacağımıza bile bir bakıma mikrobiyotamız karar verir diyebiliriz. Bağırsaklarımızda yararlı bakteriler olduğu gibi zararlı bakteriler de vardır. Sağlıklı bir bağırsakta bu mikroorganizmaların sayıları sınırlıdır ve yararlı bakteriler tarafından kontrol edilirler. Fakat bağışıklık sisitemimiz zayıfladığında veya bağırsak floramız bozulduğunda fırsattan istifade ederek bu canlılar ortaya çıkar ve bağırsak sağlığımızı kötü etkilerler. Zararlı bakteriler bağırsak hücrelerini birbirinden ayırarak bütünlüğü bozar. Bu sağlıksız bağırsaklarda sindirim de yeterli olmaz ve normalde içeriye girmemesi gereken maddelerin geçişi görülür. Bu yeterince sindirilmeyen ve bağırsaktan geçmeye hazır olmayan maddeler kan dolaşımına geçer. Vücudumuzun bağışıklık sistemi bu maddeleri yabancı madde olarak algılar ve savunmaya geçer. Tüm bu durumlar besin alerjilerine ve intoleransa sebebiyet verir.