İstanbul 1453 yılında Fatih Sultan Mehmed tarafından fethedilince, etraf ülkelerin şahları ve kralları İstanbul'a elçiler göndererek fethi tebrik ettiler. Bunlardan biri olan Kudüs Rum patriği Atanasiyos (Türkçe telaffuzu bu şekildedir) da rahiplerden oluşan bir heyetle fethi tebrik için 1458 yılında İstanbul'a geldi. Hz. Muhammed'in kendi eliyle yazdığı birtakım evrakı, Fatih'e sundu.  Bu evraklar, Hz. Muhammed'in Kudüs Rum Patrikhanesine verdiği imtiyazlarla ilgiliydi. Ayrıca Hz. Ömer'in kufi hatla yazdığı bir belge ile Kudüs'ü egemenliğine almış olan padişahların yazdıkları belgeleri de Fatih'e ibraz etti. Ve ondan bir ricada bulundu: Kudüs'ün içerisinde ve dışarısında kıldıkları namazları ve ziyaretleri Hz. Muhammed devrinden itibaren yapıldığı gibi aynen yapmak istediklerini belirttiler. Fatih, patriğin kendisine gösterdiği bu belgelere çok değer verdi ve onun talebi kabul etti. Kudüs içinde olan Kamame ile tüm namazgâhları, ziyaret yerlerini, Gürcü manastırı olan Mar Yakup'u, Kudüs'ün içinde ve dışında olan manastırları ve kiliseleri, Hz. İsa'nın doğduğu yer olan Beytlehem'deki Büyük Kiliseyi (kilise-yi kebir), mağarada ve kilisede olan Üçkapının anahtarlarıyla, bu civardaki millet-i Nasaraya (Hristiyanlar) ait tüm patrikleri ve onlara tabi olanlara (yamak), vakıf olan eşyalara dokunulmaması üzerine bir ferman yayınladı. Bu fermanın temel dayanağı, Hz. Muhammed, Hz. Ömer ve eski padişahların verdikleri belgelerdi. Bunların geçerliliğini kabul etti. Onların eskiden verdikleri imtiyazları değiştirmek istemedi. Belirtilen bu eserleri koruma görevini yine Kudüs patrik ve rahiplerine verdi. Bu işe başka kişilerin karışmamaları gerektiğini belirtti. Eğer hariçten karışan olursa, bunlarla ilgili olarak çok ağır bir bedduada bulundu. Kendisinin ölümünden sonar gelen padişahlar ve onların memurları para veya hatır için bu statüyü değiştirecek olurlarsa, onların Allah ve Hz. Muhammed'in hışmına uğrayacaklardı. Verdiği bu fermanın içeriğini bozanların Allah'ın lanetine uğramalarını belirtti.  862 (1458) tarihli bu fermanın asıl nüshası yoktur. Bununla beraber Osmanlı Arşivinde, suretleri (AE, SMMD, II, 1/22) bulunmaktadır. Bu fermanın verildiği tarihi de galiba tartışmalıdır. Fatih'in onlara bahşettiği imtiyaz, vergi muafiyetidir. Kudüs'teki Rumlara ait yerlerdeki dini ve diğer personel, cizye, baç ve örfi vergileri ödemeyeceklerdir. Eski adet ve geleneklerine dokunulmayacaktır. Burada sorulması gereken soru, Kudüs, Fatih'in egemenliği altında olmamasına rağmen, Patrik neden İstanbul'a Fatih'in huzuruna gelmiştir? Sanırım bu sorunun cevabı, Fatih'in İstanbul Rum Patrikliğini yeniden organize etmesiyle ilgili olmalıdır. Zira İstanbul Rum Patrikliği, Doğu'da tüm patrikliklerin üzerindeydi. Eski patrik Greguvar'ın İtalya'ya kaçması, Doğu ve Batı kiliseleri arasındaki mezhebi ihtilaflar, Gennadios'un yeni patrik olarak kabul edilmesi, İstanbul (Kostantiniyye) Rum Patrikliğinin Bizans devrinde olduğu gibi eski nüfuz alanının (Kıbrıs, Filistin, Suriye, Kudüs, Rusya ve Mısır) devam ettirilmesiyle ilgili olmalıdır. Fatih'in verdiği bu ferman, daha sonraki uygulamalar için Yavuz Sultan Selim ve Kanuni Sultan Süleyman gibi Osmanlı padişahlarına hukuki bir dayanak teşkil etti. Patriğin idari yetkileri çok genişti. Ziyaret yerleri, kiliseler, manastırlar, okullar, hastaneler, personel, Kudüs'e gelen Hristiyan hacılar, mali konular, mezhebi ve ruhani işler, onun sorumluluğundaydı. Din adamlarından (6 piskopos, 9 arşimandrit) oluşan meclisin de başkanıydı. Patrik, din adamları tarafından seçilirdi.