Türkiye’nin güncel sorunlarından biri, Doğu Türkistan veya Uygur meselesidir. Türkiye’de Türkçüler ve Turancılar ile İslamcılar, Doğu Türkistan’da bir İslam veya Türk devletinin kurulmasını istiyorlar ve Sultan Abdülaziz devrinden beri Osmanlı devletinin bu meseleyi desteklediğini ve olumlu yaklaştığını da biliyorlar. Lakin Türkiye ile Doğu Türkistan arasındaki mesafenin uzaklığı, ulaşım meselesi, Türkiye’nin Rusya, Çin ve Hindistan ile olan siyasi ve ticari ilişkileri yüzünden, Uygurlara gerekli destek verilemiyor. 19. Yüzyılda İngilizler, Hindistan’daki sömürgelerini Ruslardan korumak amacıyla, Rusya ile Hindistan arasına kendi güdümlerinde tampon bir devlet oluşturma siyaseti izlediler. Bu çerçevede Doğu Türkistan’daki diplomatları vasıtasıyla, Uygurları siyaseten desteklediler. Batılı yazarlar, Uygurlara olan İngiliz desteği konusunda herhangi bir kanıtın mevcut olmadığını yazarlarsa da, Doğu Türkistan’daki İngiliz misyonlarının bu konuda aktif olduğu belgelerden anlaşılıyor. Sultan II. Abdülhamid döneminde pan-İslamist siyaset sayesinde özellikle Kaşğar ile İstanbul arasında İslam’a dayalı ciddi ilişkiler kuruldu, ancak Osmanlı devletinin çökmesiyle birlikte bu ilişkileri zayıfladı. Doğu Türkistanlı Müslüman tacirler, İstanbul ile ticaret yapıyor, Uygur öğrenciler Harbiye’ye öğrenci olarak alınıyor, iki ülke arasında kitap alışverişi yapılıyor ve Uygur ailelerin Türkiye’de yerleşmelerine izin veriliyordu. Doğu Türkistan Türkleri, Türkiye’yi bir umut olarak gördüler ve her fırsatta Türkiye’den maddi ve manevi destek talep ettiler. Enver Paşanın Turancı fikirleri Doğu Türkistan’da da yayıldı. Özellikle Tatar, Kazak ve Uygur aydınları, bu bağımsızlık fikirleri desteklediler. Mısır hükümeti de buradaki İslami ve siyasi harekete destek olmaya çalıştı ancak Türkiye’nin bu harekete desteği tam olamadı. Zira kendi milli varlığını koruma çabası yüzünden, Türkiye, Rusya-Sovyetler ve İngilizler ile dost geçinme siyaseti izlemek zorunda kaldı. Doğu Türkistanlılar, Türkiye’nin koşullarını dikkate almadan veya mecburiyet karşısında, Osmanlının mirası olarak, Türkiye’den yardım talep etmeye devam ettiler. Cumhuriyet Arşivinde korunmuş 1926 tarihli bir belgeye göre, Doğu Türkistanlı iki Müslüman, Altışehir ahalisi namına Halil efendi ile Kerim Sipanif, 1926 yılında Türkiye’nin Moskova Büyükelçiliğini ziyaret ederek, Çin hükümetinin çöküşünden istifade ederek, Türkiye’nin veya Afganistan’ın yardımıyla, Doğu Türkistan’da bir devlet kurmak istediklerini ifade ettiler. Ayrıca Türkiye’den askeri malzeme, silah, cephane ve subay istediler. Sefarette görevli diplomat Zekai Bey, bu kişilere, sadece kendi memleketlerinde ‘Türk Ocağı’ açmalarını ‘Türk harsını himaye edecek neşriyat yapmalarını’ tavsiye etti. Ayrıca Altışehir, Yarkend, Hoten, Kuça ve Turfan gibi yerlerde Afganistan’ın konsolosları bulunduğunu belirtti. Kısacası, Türkiye’nin kendilerine maddi destek veremeyeceğini ama Afganlıların belki verebileceklerini açıkça ifade etti. Zekai bey verdiği bu cevabının teyidi için Ankara’ya bir yazı yazdı. Ankara’daki Hariciye Bakanlığı, ona, bu cevabın ‘çok muvafık olduğu, bundan başka hiçbir müzakere ve taahhüde girişilmemesi’ talimatını verdi. Şüphesiz Türkiye, bu yıllarda Ruslarla olan ilişkilerine öncelik veriyor ve Doğu Türkistan meselesiyle doğrudan ilgilenemiyordu. Nitekim Türkiye’nin izlediği bu siyaset, 1930’lu ve 1940’lı yıllarda da devam edecek; mesafenin uzaklığı ve laiklik gibi nedenlerden dolayı, Osmanlı sultanlarının yaptıklarının aksine, Türkiye Hükümetleri resmi olarak Doğu Türkistan meselesiyle doğrudan ilgilenmeyeceklerdir.